Расцвет Гурзуфа, как курорта, прервало начало Великой Отечественной Войны.
Специфика Большой Ялты нашла свое отражение в годы войны. Здесь не было боев ни в 1941 г. при захвате фашистами, ни при освобождении полуострова в 1944 г. Но местные жители не могли остаться в стороне от происходящих событий. Жители Гурзуфа сражались с врагом на всех фронтах. Они были участниками подполья и воевали в партизанских отрядах.
В начале ВОВ санаторий был свернут. Материальные ценности, медицинское оборудование, аппаратура и хозинвентарь были эвакуированы в глубь страны. Личный, особенно медицинский состав, влился в ряды действующей армии.
В первые дни войны большую сложность для советских и партийных органов представляла эвакуация курортников, которые, как военнослужащие, подлежали мобилизации. В гор- и райвоенкоматы уже 23 июня 1941 г. поступило около 200 заявлений от добровольцев с просьбой зачислить их в ряды РККА. Около 7,5 тысяч человек вступили в народное ополчение.
15 июля Совет Народных Комиссаров Крымской АССР принял постановление о развертывании в Крыму эвакогоспиталей. На базе санатория был открыт госпиталь на 250 коек. Шли упорные бои под Одессой, и все чаще и чаще прибывали в Ялту пароходы с ранеными и эвакуируемыми.
Одновременно формировались партизанские отряды и готовилось подполье для борьбы с врагом на случай захвата полуострова.
Кадры санатория, в первую очередь офицерский состав, влились в ряды действующей армии. Многие из них с оружием в руках защищали Крым и Гурзуф.
Солдаты Красной Армии на лечении в санатории 30 мая 1941 г.
Вторжение фашистов в Крым 8 ноября 1941 г.
В первых же приказах гитлеровская комендатура, обрекая население на голод, потребовала сдать «продуктовые излишки». Разрешалось оставить только один килограмм муки, крупы или сахара и 5 коробок спичек. Под страхом смертной казни жителям города запрещалось появляться на улице во время комендантского часа - с четырех дня и до рассвета.
Ни террор, ни массовые казни не могли сломить мужества советских людей. И, несмотря на то, что подготовленное подполье большей частью было уничтожено, жители продолжали бороться с врагом. В ответ на зверства оккупантов на борьбу с ними поднимались партизаны.
Сражаться партизанам с врагом приходилось в тяжелейших условиях: они были окружены большим количеством фашистских войск, почти все базы с продовольствием, оружием и боеприпасами, созданные летом 1941 г., были выданы предателями, которые, хорошо зная лес, служили у фашистов проводниками.
С первых же дней войны из жителей Ялты, Гурзуфа, Алупки, Кореиза, Гаспры, Мисхора, Симеиза были созданы два истребительных батальона численностью в 200 человек. Ялтинским командовал бывший председатель Ялтинского горсовета Николай Николаевич Тамарлы, командиром Алупкинского истребительного батальона был назначен старший механик совхоза «Гурзуф» Илья Захарович Вергасов. В ноябре 1941 года он стал начальником штаба 4-го партизанского района Крыма.
На основе батальонов затем сформировали Ялтинский партизанский отряд численностью свыше 90 человек и подготовили подполье для борьбы с врагом. В этом отряде были и сотрудники Гурзуфского военного санатория, которые до последнего исполняли свой долг в госпитале.
Оперативная обстановка в Крыму на 15.12.41 г. по немецким данным с обозначением зон ответственности немецких подразделений.
Гурзуф во время оккупации 1941 г.
Сразу после нападения Германии на Советский Союз стали появляться красочные статьи о крымских готах и немецком присутствии в Крыму.
В конце 1941 г. Альфред Розенберг, ставший к тому моменту рейхсминистром восточных оккупированных территорий, докладывал Гитлеру о прогрессе в проекте относительно германизации Крыма. Фюрер благосклонно выслушал предложения министра о переименовании Симферополя в Готенбург («город готов»), а Севастополя – в Теодорихсхафен («гавань Теодориха»). Новая столица «имперской области Готенланд» должна была появиться на Ялтинской гряде. В нацистской пропагандистской книге «Мы сражались в Крыму» был помещен рисунок Курта Штендера, изображающий GursufmitGotenkopf, т. е. «Гурзуф с готской головой». Здесь, по всей видимости, под термином «готская голова» нацисты понимали скалу Дженевез-Кая, накоторой находилась гурзуфская крепость. После окончания оккупации жители освобожденного Крыма с радостью срывали с домов ненавистные немецкие знаки и символы. Вся работа пропагандистской доктрины Третьего рейха пошла насмарку. Нацистам так и не удалось сделать из крымчан сторонников их идеологии.
В период оккупации при отступлении фашистских войск санаторию Гурзуфский был нанесен большой материальный ущерб, сожжено здание приемного отделения. Полностью разрушены: электростанция, гараж, библиотека, оранжерея. Издевательски изуродованы прекрасные фонтаны, в залах отделения физиотерапии была устроена конюшня. Все это глумление и бессмысленное уничтожение ценностей говорили о том, что враги не рассчитывали здесь оставаться надолго.